בן ויקטוריה ודוד אלקלעי. רפאל (רפי) נולד בירושלים ביום י"א בניסן תשכ"ו (1.4.1966). בן הזקונים למשפחתו, אח לשמונה אחים ואחיות: לבנה, דני, יוסי, שלמה, אלי, רבקה, משה ועינת.
רפי גדל במשפחה דתית ותיקה בשכונת אבו טור בירושלים, המוכרת כמשפחה חמה, צנועה, ערכית ושורשית. ההורים חינכו את ילדיהם באווירה דתית מסורתית וסובלנית. רפי למד בבית הספר היסודי "דוגמא לבנים" בנחלאות, ובשנות התיכון התחנך בבית הספר התורני "הימלפרב", במגמה עיונית.
ילד נמרץ ופעלתן היה רפי. הוא אהב ליצור ולבנות בידיו דברים פרי דמיונו. כך בנה בית-עץ על עץ התאנה שבחצר הבית, לשם היה נוהג לחמוק. רפי אהב ספורט ופיתח את יכולותיו הספורטיביות. הוא ידע לעמוד על ראשו במשך זמן ממושך, ואת שעות אחר הצהריים בשכונה אהב להעביר במשחקי הקפות, כדורגל וכדורסל. הוא התברך בכישרון מוזיקלי וניגן בתזמורת הנוער העירונית על תופים, חצוצרה ואורגן. רפי הילד גם אהב מעשי קונדס. משפחתו נהגה לומר כי הוא הושפע מתאריך לידתו, ה-1 באפריל, הידוע כ"יום השקר". אחד מהתעלולים החביבים עליו היה לחקות את קול הסירנות של מכוניות משטרה ואמבולנסים. ואף כשהילדות התחלפה לבגרות, השובבות הטבעית של רפי לא נעלמה. היא רק התחלפה ביצירתיות ואכפתיות.
בשנות נעוריו הרבה להשתתף בפעילות תנועת הנוער "הצופים הדתיים". הייתה זו חוויה משמעותית עבורו, ושם רכש לא רק ערכים אלא חברים טובים, אשר ליוו אותו כל השנים, עד לנפילתו.
כאשר הגיע מועד גיוסו לצבא, היה לרפי ברור כי ישרת כחייל קרבי כמו אחיו הגדולים. הוא התגייס לגבעתי, אחרי שירות כלוחם יצא לקורס קציני חי"ר ושב ליחידה כמ"מ (מפקד מחלקה). הוא המשיך תקופה קצרה בשירות קבע, אך משהבין שאינו רוצה לוותר על חיי משפחה ובית מסודר, החליט לצאת לדרך חדשה ועזב את חיי הצבא לטובת אופקים חדשים.
בשנים הבאות שירת רפי במילואים בתפקיד מ"פ, בדרגת רב-סרן.
לאחר שירותו הצבאי למד רפי באוניברסיטה העברית בירושלים, וסיים לימודי תואר ראשון בעבודה סוציאלית ותואר שני בקרימינולוגיה.
במהלך לימודיו לתואר ראשון נשא רפי לאישה את גלית, לאחר חמש שנות אהבה וזוגיות. הם נישאו על שפת בריכה שבמימיה צפו עלי כותרת ופרחים. לאחר החתונה עברו להתגורר במעלה אדומים. שניהם היו אז סטודנטים, למדו יחד את לימודי התואר השני ואת העבודות הגישו יחד. גלית אשתו מספרת: "רפי היה זה שמקליד ומדפיס, הוא היה אלוף בזה".
מערכת היחסים ביניהם התאפיינה בהרמוניה, השלמה הדדית ואהבה שנמשכה לאורך כל השנים. רפי וגלית נהגו לחלוק את חוויותיהם ולשתף זה את זו, אנשים מילוליים ותקשורתיים ששוחחו ביניהם הרבה ועל הכול. מספרת גלית: "אבא שלי היה שומע אותנו מדברים שעות לתוך הלילה כאשר היינו צעירים והיה צוחק עלינו: 'על מה יש לכם לדבר כל-כך הרבה?'"
חמש שנות נישואיהם הראשונות הושקעו בביסוס עתידם. במהלך השנים נולדו לרפי וגלית ארבעה ילדים: דוד דור, אורי דניאל, שירה ואודיה.
בהמשך בנו את ביתם ביישוב לפיד שבחבל מודיעין, שם מצאו מבחינתם "פיסת גן עדן כפרית", כדברי גלית. החיים בלפיד התאימו מאד לאורח החיים שרצו. מספרת גלית: "מדי בוקר, לפני שמתחילים את היום, היינו יוצאים לגינה, שותים קפה שרפי הכין, מדברים, נושמים את הירוק ויוצאים לעבודה באנרגיה בריאה". בערבים נהגו לצאת להליכות ספורטיביות ביישוב, במהלכן נהגו לדבר ולשתף זה את זו. בשבתות נהגו מפעם לפעם לצאת עם ילדיהם לסוף שבוע של מחנאות באזור הצפון, להקים אוהל ולבלות באווירה אינטימית ומלוכדת את כל השבת. לדבריה של גלית, החיבור בינם לבין הבורא בחיק הטבע עם המשפחה היה מקרב ועוצמתי.
ערכי המשפחה וסיפורי המשפחה היו חשובים לרפי מאוד. הוא השקיע לא רק במשפחה שהקים לעצמו, אלא גם באימו ובמשפחה המורחבת. רפי גדל במשפחה מיוצאי גלות ספרד, ששורשיה בירושלים מתועדים כמאתיים שנה לאחור. לימים, תעד רפי את חייה של אימו בסרט כחלק מסיור שורשים במחוזות ילדותה בירושלים. כמו כן יזם הזמנת העתקים זהים של גביע כסף עתיק שעובר בירושה במשפחה מזה דורות עבור כל אחד מן האחים, כן ערך ואיגד ספר מתכונים ממטעמיה של אמו.
במהלך לימודיו האקדמיים השתלב רפי בעבודת האבטחה באוניברסיטה והיה לקצין הביטחון הראשי בקמפוס עין כרם. משסיים את לימודיו, ניתב את דרכו לעבודה סוציאלית, בה ראה שליחות אמיתית ואפשרות להשפיע ולשנות. הוא ניהל במשך מספר שנים מעון לאנשים בעלי צרכים מיוחדים, היה מעורב בחייהם האישיים, ניהל קשר ישיר עם משפחותיהם והיה עד להתפתחות והתקדמות של האנשים בהם טיפל, דבר שהיה חשוב לו מאוד. לאחר עבודתו במעון ולאור הניסיון הרב שצבר קיבל תפקיד ניהולי-מערכתי בתחום הסוציאלי.
לאחר מספר שנים של אתגר וסיפוק בעבודתו חש כי עליו לקחת פסק זמן. רפי עזב את עבודתו והקדיש את זמנו לעבודות גינון ואדמה. בתום שנה לא נרתע רפי מלשנות כיוון, ובחר לעבור לשרת במרחב האפל של החברה, כקצין בשירות בתי הסוהר, ולנסות לגלות שם את האור. לגלות אחריות מקצועית והתייחסות אנושית-חינוכית, הן כלפי האסירים עליהם היה מופקד, והן כלפי הסוהרים שעליהם פיקד.
ביולי 2004 התגייס רפי והחל את דרכו בשב"ס. תפקידו הראשון היה בכלא "גבעון" כקצין משמרת. לתפקיד זה הביא את יכולותיו האישיות, את הכשרתו כקצין בצבא ואת ניסיונו מתחום העבודה הסוציאלית. בהמשך קודם לתפקיד קמב"ץ (קצין מבצעים) ואחר כך לסגן קב"ט (קצין ביטחון). כחלק מעבודתו העביר רפי סדנאות מקצועיות חווייתיות לסוהריו. כך פעם לקח את הסוהרים למסע אופניים ופעם אחרת למסע הישרדות. על האסירים הסתכל בכבוד ובגובה העיניים, וזכה מהם לכבוד ולהערכה.
המשך דרכו של רפי היה קורס קציני אג"מ (אגף מבצעים), אחריו נבחר להשתלב בצוות ההדרכה בבית ספר "ניר" של שב"ס ברמלה. במסגרת תפקיד זה עסק בהכשרת המש"קים והקצינים לעתיד של הארגון. בהדרכה הוא מצא את ייעודו האמתי והיה זה עבורו עולם ומלואו. תחילה הדריך קורס מש"קים ולאחר מכן קודם להיות מדריך ומפקד בקורס קצינים. הוא הדריך שלושה קורסי קצינים, את השלישי מביניהם לא הספיק לסיים.
רפי לא הירבה להתגאות בעבודתו המקצועית כקצין בשב"ס, אך מדברים שפקודיו כתבו עליו עולה תרומתו הייחודית לבניית הלכידות החברתית של הסוהרים ולהפנמת שליחותם המקצועית כמשרתי החברה. הרבה סבלנות ויצירתיות נדרשים לכך, ורפי עם ההומור האישי שלו ועם האנושיות הטבועה בו, טרח והצליח בכך. לא פלא שכל כך הרבה מהם ביטאו את הערצתם אליו לאחר מות הגבורה שלו באסון הכרמל.
על תפיסתו המקצועית-צבאית סיפרה אשתו גלית: "רפי האמין שקצין הינו אדם שחייב להיות ללא רבב, אדם האמור לשמש דוגמה בכל אשר ילך. עליו להיות אדם ערכי, נבון, אנושי ובעל יכולת להנהיג ולהוביל… רפי היה בעל דרישות גבוהות מעצמו ומאחרים, איש של חזון בכל מובן המילה, הן מקצועית והן אישית. מרגע שהגדיר לעצמו את החזון היעדים והמטרה, החל לגלגל את התוכנית ליישומה הלכה למעשה. כדרכו היה משתף אותי, מספר על חוויותיו ותחושותיו מהקורסים, מתפקידו ומהאנשים… כאשר הגיעו ל'שבעה' אנשים מהשב"ס, הכרתי את כולם בשמות אף מבלי שראיתי אותם לפני כן, פשוט ידעתי הכול מרפי…"
רב-כלאי רפי אלקלעי נפל באסון הכרמל.
ביום חמישי כ"ה בכסלו, א' חנוכה תשע"א (2.12.2010), התלקחה שריפת יער בהר הכרמל הירוק תמיד. השריפה, המכונה "אסון הכרמל", הגדולה בתולדות המדינה, כילתה יער, חורש ובתי מגורים בשטח נרחב מתוך פארק הכרמל והיישובים סביבו. כשבעה-עשר אלף איש פונו מבתיהם, קרוב לעשרים וחמישה אלף דונם ומיליוני עצים עלו באש. כשליש מבתי קיבוץ בית אורן עלו באש וכך גם עשרות בתים נוספים בכפר האמנים עין הוד ובכפר הנוער ימין אורד. רק בחלוף שלושה ימים שככה האש.
בשעות שלאחר פרוץ השריפה נשבו רוחות חזקות שליבו את האש, וזו התפשטה במהירות לאזור נחל חיק, שמורת הר אלון, כלא דמון, שמורת הר שוקף וקיבוץ בית אורן. בשל חשש כבד לחיי אדם הוחלט על פינוי אסירי כלא "דמון" ולאחריו כלא "הכרמל". למשימה חברו קצינים ושוטרים שעסקו בחסימת צירי תנועה, לוחמי האש של שירות כבאות והצלה, וצוערים ומדריכים של קורס קצינים של השב"ס, מחזור א'.
בשעה 15:30 נע אוטובוס הצוערים בין מחצבות קדומים לבית אורן, ואחריו ניידות משטרה. לפתע שינתה הרוח את כיוונה והחלה שולחת לשונות אש שורפות אל עבר האוטובוס. כמפקד האוטובוס הבהיר רפי לצוערים בבהירות את המצב אליו נקלעו ואף ירד לכוון בתעוזה רבה את הנהג בעיקול הדרך, אך קירות ענק של אש שחסמו את ציר התנועה אחזו בכול וכילו במהירות שיא כל שמץ חיים, ובהם רפי והצוערים.
בשריפה נספו ארבעים וארבעה גברים ונשים. שלושים ושבעה מביניהם צוערי קורס קציני שירות בתי הסוהר ומפקדי הקורס, נהג האוטובוס, שלושה כבאים ושלושה קציני משטרה.
לנופלי השב"ס העניק רב-ניצב אהרון פרנקו, נציב שירות בתי הסוהר דאז, את עיטור המופת, "על אומץ לב הראוי לשמש מופת ועל מסירות נפש בדרך להצלת חיים במסגרת מילוי תפקידם".
בבוקרו של יום רביעי, יום לפני האסון, בשעה שש וחצי, העיר רפי את בני הבית והתעקש לחגוג את יום הולדתה הרביעי של אודיה בתו, לאחר שערב קודם דאג להביא עוגה מהקונדיטוריה החביבה עליהם. מספרת גלית: "זה היה יום הולדת מצחיק, משפחה בפיג'מות בשש וחצי בבוקר שרה שירי יום הולדת…"
ביום האסון, לפני יציאתו לבית סוהר דמון, התקשר רפי לגלית רעייתו, סיפר לה על המשימה אליה הוא יוצא והביע את אהבתו.
רפי היה בן ארבעים וארבע בנפלו. הוא הובא למנוחת עולמים בבית העלמין הצבאי בהר הרצל בירושלים. הותיר אחריו אישה, ארבעה ילדים – שני בנים ושתי בנות, אם ושמונה אחים.
אחרי נפילתו הועלה רפי לדרגת סגן-גונדר.
בבוקר השריפה נולד למשפחת אלקלעי נין, נכדו של דני אחיו של רפי. השמחה במשפחה הייתה רבה. המספר היה בעל משמעות סמלית – שלושים ושניים נכדים ושלושים ושניים נינים. בזמן השבעה אמרה האם ויקטוריה: "יש לי ל"ב נכדים ול"ב נינים, אבל את הלב שלי לקחו לי". ארבעה חודשים לאחר נפילת רפי נפטרה אמו ממחלה שהתפרצה לאחר האסון.
כתבה גלית, רעייתו של רפי: "רפי היה עמוד השדרה של הבית שלנו. עד היום הוא עמוד השדרה שלי, של הילדים, של הבית, של כולנו. לא היה דבר שהוא לא ידע, לא רצה או לא עשה. בן זוג מדהים, אב מעורב ואכפתי, תחזוקת הבית, בישולים, אפייה וגנן בגינה הפרטית שלנו…
את דרכו בחיים ואת תפקידיו עד גיוסו לשב"ס ובשורות הארגון סלל בענווה ובצניעות, מעולם לא בכוחניות… לא אחת קרה שהוא הגה רעיון יצירתי, הציע משהו ובסוף מישהו אחר קיבל את הקרדיט על כך, אבל זה לא היה איכפת לו, מבחינתו העיקר שהדבר נעשה, זה מה שהיה חשוב לו באמת, לא שייזקף לזכותו".
דברים לזכרו של רפי מפי הרב יהודה ישרים, רב היישוב לפיד: "רפי היה אדם ירא שמים, איש של תורה ועבודה. גם בדרכו המקצועית, הוא שמר על ערכים של תורה וקיום מצוות. גם את הילדים הוא חינך בדרך הזאת… לא פעם, כשנאלץ להישאר בכלא למשמרות יום שישי, הוא סיים את המשמרת בליל שבת והיה צריך לחזור הביתה. בשום פנים ואופן לא הסכים להתפשר ולחזור הביתה, גם לא באמצעות נהג גוי. הוא היה הולך ברגל מרחק כמה קילומטרים, מהכלא ברמלה ועד לפיד… רפי היה שליח ציבור מיוחד במינו, הוא חיבר בין נוסח ספרדי לאשכנזי. זכינו להקים בשנתיים האחרונות בית כנסת חדש ביישוב, ורפי היה חלק נכבד ובלתי נפרד מהקמתו. הוא תרם רבות לקהילה וליישוב, בכל מה שהיה ניתן… ניתן לומר עליו – מנהיג שקט, בלי רוח וצלצולים. הייחודיות שלו הייתה שבלי הרבה רעש הוא הצליח לתת כיוון ולסחוף אחריו את האנשים. הוא איחד וגישר בין סוגים שונים של אנשים".
ספד לרפי גונדר משנה נזיה להיאני, מפקד ביס"ר שיטה: "רפי הכל יכול, מפקד משכמו ומעלה, אדם בכל משמעות המילה. חרוץ, מסור ולויאלי היה. בכל משימה עמד בכבוד ובגאווה. הוביל והסמיך קצינים רבים בארגון, איש של ערכים ומנהיגות היה. כולם אהבו להיות במחיצתו וללמוד ממנו את המקצועיות, הפיקוד והנתינה. הייתי מוכן ללכת אחריו בעיניים עצומות לכל משימה ומשימה".
לזכר רפי הופק סרטון המתאר את פועלו כמפקד, לוחם ומדריך בשירות בתי הסוהר. הסרטון ניתן לצפייה ביוטיוב.
שמו של רפי מונצח בבית הכנסת בלפיד, באנדרטה לזכר הנספים באסון השריפה בכרמל הממוקמת ביער בית אורן, ובאנדרטה בחורשת ה-44 בהר מירון.