בן ברטה ושלמה, מניצולי השואה. נולד ביום י"ז בכסלו תש"ז (10.12.1946) במחנה עקורים באיטליה. בדרך לארץ נשלח עם הוריו לקפריסין ומשם עלה עימם ארצה בשנת 1948. המשפחה התגוררה בשכונת הדר בחיפה, שם למד בבית-הספר העממי א'. אחרי כן סיים את לימודיו התיכוניים בבסמ"ת חיפה, במגמת חשמל. היה לו כשרון לציור. הוא שיחק כדורסל בקבוצת מכבי חיפה, והיה חבר בתנועת הצופים עד גיוסו לצבא.
שבתאי גויס לצה"ל ביולי 1964 והתנדב לשרת בחיל האוויר. לאחר הטירונות נשלח לקורס טיס והוכשר להיות נווט. כנווט טס במטוסי 'נורד' 'ווטור' ו'פנטום'. במלחמת ששת-הימים השתתף בהפצצת שדות-התעופה בלוקסור. במלחמת יום-הכיפורים ניצל ממות כאשר טיל פגע במטוסו מעל מצרים, והוא צנח בשטח אויב. בעודו פצוע, מצא מחסה והמתין לחילוצו. חבריו הטייסים חילצוהו בהליקופטר והעבירוהו לבית-חולים.
בשנת 1966 התנדב לשירות הקבע ומילא תפקידי פיקוד ומטה שונים בחיל-האוויר: היה ראש מדור צילום במחלקת מבצעים במפקדת החיל, מפקד טייסת, ראש ענף סגל צוות אוויר במחלקת קצינים, וראש מחלקת קצינים. באפריל 1984 הוענקה לו דרגת אלוף-משנה. לאחר-מכן סיים את לימודיו במכללה לביטחון לאומי ומונה לתפקיד מפקד בסיס בחיל-האוויר. בקיץ 1987 נתמנה נספח צה"ל באקוודור.
להלן כמה מהערכות מפקדיו, המצויות בתיק השירות שלו: "קצין מצוין, מקובל מאוד על סביבותיו". "בעל פוטנציאל גבוה מאוד, בעל כושר חשיבה, ביטוי ויצירה". "בעל מסירות בלתי רגילה לתפקידו. עובד קשה מאוד. החלטי, נבון ושקול". "בעל חוש הומור ומתבלט היטב בחברה". במהלך שירותו נשא לאישה את רחל. הם בנו את ביתם בחיפה ולאחר-מכן ברמת השרון. בשנת 1975 נולד בנם איתמר וארבע שנים לאחר מכן נולדה בתם דניאלה. בשנת 1977 סיים לימודי הנדסת תעשייה וניהול בטכניון, ואף השלים לימודי תואר שני במינהל עסקים באוניברסיטת תל אביב.
ביום י"ט בסיוון תשמ"ח (3.6.1988) בשמשו כנספח צה"ל באקוודור, נפל שבתאי בעת מילוי תפקידו והובא למנוחת-עולמים בבית-העלמין הצבאי בחיפה. השאיר אחריו אישה, בן, בת, הורים ואח – יהודה.
מפקד חיל-האוויר, האלוף אביהו בן-נון, הספיד אותו במלים אלה: "שבתאי, חבר, מפקד ולוחם ללא-חת. דרכך היתה דוגמה ללוחם אווירי. המקצוענות, החברות ושמחת החיים שלך איפיינו אותך תמיד. עברת את כל מערכות ישראל, מלחמת ששת-הימים, מלחמת יום-כיפור ומלחמת שלום-הגליל. נפגעת, נטשת, אך תמיד חזרת אלינו בשלום עם אותו חיוך שאי-אפשר לשכוח. שימשת דוגמה אישית באוויר, בטייסת, בלימודים ובחברה. מקור השראה ללוחמים. שבתאי, בלכתך איבדנו חבר, לוחם. אין לנו ניחומים".