יונתן (יוני) ברנע נולד ב-16 ביולי 1976, י"ח בתמוז תשל"ו, בוושינגטון די.סי., בארצות הברית. יוני הוא בנם הבכור של תמרה (תמי) ונחום, אח לשלומית ולאורי. בהיותו בן שנה, סיים אביו את שליחותו העיתונאית בארצות הברית. המשפחה חזרה ארצה והשתכנה בירושלים. יוני למד בגן "עולם הילד" בשכונת קטמון הישנה, משם עבר לבית-הספר היסודי "הנרייטה סאלד" ואחר-כך לתיכון "בית חינוך", בו סיים את לימודיו ב-1994. בכיתה ה' הצטרף יוני עם חבריו לשבט "מודיעין" של צופי ירושלים. הוא היה בצופים חניך, מדריך ורשג"ד.
שבט "מודיעין" תפס מקום מרכזי בחייו. הוא אהב מאוד ילדים, ואת אהבתו השקיע בחניכיו. היה לו כשרון מיוחד לתעלולים ומתיחות. הוא היה קופצני, תוסס, מלא חיים. ההווי המשותף קירב אותו אל שבט הצופים הדתיים "משואות". החברות שלו עם הצופים הדתיים הולידה פעולות משותפות שנועדו לקדם סובלנות והבנה הדדית בין נוער דתי לחילוני.
בבית-הספר התיכון הצטיין יוני במקצועות ההומניסטיים. היתה לו נטייה לכתיבה, ובמשך שנים אחדות היה כתב צעיר בעיתון הילדים "משהו". הוא גם הרבה להתכתב עם חבריו. מכתביו שפעו הומור וחום.
בבית-הספר "בית חינוך" התוודע אל השפה הערבית והחליט לבחור בה כמקצוע מועדף. הוא סיים חמש יחידות בערבית. במקביל, התעניין בפוליטיקה של הסכסוך הישראלי-ערבי וקרא ספרות ועיתונות בנושאים אלה. הוא האמין בשלום. היתה לו חיבה מיוחדת לסטיקרים ולחולצות-טי עם מסרים פוליטיים. האוסף שלו כלל סיסמאות של רצון טוב מכל העולם, מדרום-אפריקה ועד מזרח אירופה, מהמלחמה באפרטהייד ועד ההגנה על איכות הסביבה. בגיל תיכון הצטרף לארגון "אמנסטי" לזכויות האדם ולארגון "גרינפיס" לאיכות הסביבה.
השירות בחיל המודיעין היה המשך טבעי לתחומי העניין שלו בבית-הספר. הוא התנדב לקורס טרום-צבאי של המודיעין. במרס 1995 התגייס, לאחר שעבר חמישה חודשי הכשרה, ובמרס 1996 היה אמור להתחיל להדריך בבסיס ההדרכה של החיל.
לדברי מפקדיו, בלט יוני בסקרנותו הרבה, בנטייה שלו "לחשוב בגדול", להסתכל על הדברים מזווית אחרת, מקורית, למתוח ביקורת ולהציע פתרונות. בעבודתו המקצועית הפגין רמת אחריות גבוהה והקפדה על כל פרט, ועם זאת, ידע לשלב בעבודה חמורת הסבר של המודיעין ובמסגרת הצבאית הנוקשה את השובבות של ימי תנועת הנוער. חבריו לשירות מספרים, שהוא היטיב להפיג את השעמום הכבד במשמרות הלילה. הוא ידע להשפיע על חבריו ליחידה תשומת-לב, הקשבה וחום.
יוני התעניין בצילום, ובשנה האחרונה שוטט עם מצלמתו בעיר העתיקה, בשכונות החרדיות ובאתרים אחרים. הפילם האחרון שצילם, ושפותח רק לאחר מותו, כלל תצלומים ממסיבת הפרידה ("השתייה") שערך לחבריו בבסיס, ערב צאתו להדרכה, וכן תצלומים מכיכר רבין בתל אביב. רצח רבין זעזע אותו עמוקות.
ביום הפיגוע בכפר דרום, ב- 9 באפריל 1995, כתב לחברתו: "אני יודע שאני אמור להיות עצוב ולהשתתף בצער המשפחות והכל, אבל אני עצוב רק כמה שאני חייב. זאת אומרת, קשה לי להכריח את עצמי, או להעמיד את עצמי באותו מקום, או לדמיין את המשפחה שלי שומעת על מותי בפיגוע.
"אני לא מבין עד הסוף מה הולך בעולם הזה, איזה היגיון מניע דברים. אני לא רוצה להתפלסף יותר מדי – אבל למה בן-אדם אחד קם בבוקר חי, אחרי שחי עשרים שנה, חונך, טופח, הושפע, עולה על אוטובוס ומת?
"איך אמא יכולה להיפרד מהבת שהולכת לצבא בבוקר ובצהרים לארגן לה הלוויה? ואיך פתאום מעכלים שמישהו כבר לא יחזור, מישהו שזה לא היה בתכנון שלו לאותו שבוע למות?
"ואיך, במרחק של כמה מאות מטרים, חיים אנשים מלאומים שונים לגמרי, עם אמונות שונות לגמרי, עם חיים הפוכים לחלוטין – כל אחד מוכן להרוג בשביל האמת היחידה שלו?
"יש אמת יחידה?"
ביום ראשון, 25 בפברואר 1996, ה' באדר תשנ"ו, עלה יוני על אוטובוס 18 ברחוב עמק רפאים בירושלים, סמוך לביתו. הוא היה בדרכו לתחנה המרכזית, משם התכוון להמשיך לבסיס. מתאבד של החמאס פוצץ את עצמו באוטובוס. עשרים וחמישה הרוגים היו בפיגוע, ויוני ביניהם. בן עשרים היה במותו. הובא למנוחות בבית העלמין הצבאי בהר הרצל.
יוני הונצח ב"אחוות יוני", קומה שנבנתה על שמו בבניין שבט הצופים "מודיעין" בעמק המצלבה בירושלים. לזכרו יצאו שני ספרים, אחד בעריכת המשפחה ושני בעריכת חבריו ליחידה.