בן בן-ציון וצילה. נולד ביום י"א באדר ב' תש"ו (13.3.1946) בניו-יורק, ארצות-הברית, שם עשה אביו בשליחות ציונית-מדינית. בשנת 1948, כשהיה בן שנתיים, בא עם הוריו לארץ. הוא התחנך בגן-הילדים בתלפיות בירושלים, בבית-הספר היסודי של הגימנסיה העברית ואחר-כך בית-הספר היסודי 'הדרום'. לאחר ביקור נוסף של המשפחה בארצות-הברית בקשר למחקר של האב סיים יוני את לימודיו בבית-הספר היסודי הנ"ל והמשיך ללמוד בגימנסיה העברית בירושלים. בתקופה זו התבלט בפעילותו החברתית ובהשפעתו על חבריו. הוא נבחר בשנה הי"א ללימודיו כיושב-ראש מועצת התלמידים של הגימנסיה כולה וכן שימש ראש-גדוד בצופי ירושלים ביניהם היה פעיל.
בשנת 1963 נסע שוב עם משפחתו לפילדלפיה, ארצות-הברית, ושם סיים בהצטיינות את לימודיו התיכוניים (ביוני 1964). כבר אז מתחילה להציק ליוני המחשבה על הצורך בקביעת מטרה ברורה לחייו. במכתב לחברה בארץ כתב: "אני חייב להרגיש, שלא רק ברגע מותי אוכל להגיש דין-וחשבון על התקופה שחייתי, אלא שבכל דקה ודקה אהיה מוכן להתייצב בפני עצמי ולומר – כך וכך עשיתי".
בגמר לימודיו חזר יוני לארץ, התגייס לצבא והתנדב לחיל-הצנחנים. סיים כחניך מצטיין את קורס המ"כים וגם את קורס-הקצינים. בינואר 1967 שוחרר מצה"ל, בדרגת סגן, לאחר שהשתתף בפעולת סמוע. חודשים אחדים לאחר-מכן, לפני מלחמת ששת-הימים, מצא עצמו בשורות הצבא במסגרת מילואים. יוני השתתף בקרב אום-כתף (בסיני) וכן בקרבות דרבשיה וג'לבינה בגולן. כארבע שעות לפני סיום המלחמה, בשעה שניסה להגיש עזרה לחבר פצוע, נפגע יוני בכדור שריסק את מרפקו. שותת דם, בשדה חשוף לאש סורית, חזר בזחילה לתחנת-האיסוף, צנח והתעלף. יוני נותח שלוש פעמים בידו עד שהוכשר להפעילה, אם-כי לא לישרה לגמרי. הוא שוחרר כנכה-צה"ל.
בספטמבר 1967 נסע לקימבריג', ארצות-הברית, לאוניברסיטת הארווארד, בה למד פיסיקה, מתמטיקה ופילוסופיה. את שנת-הלימודים הראשונה סיים בהצטיינות. אך מלחמת-ההתשה, שגברה באותו זמן, הדריכה את מנוחתו. הוא כתב ארצה במכתב: "הארווארד מוסיפה להיות נהדרת, אם-כי אני כבר קצר-רוח לחזור. אני צריך לחזור! אני מקוה בכל לבי, שהיד תשתפר עד-כדי-כך שאוכל לחזור למילואים. זה חשוב – כיון שזוהי חובתו של כל יהודי טוב – או, לפחות, ישראלי טוב".
יוני חזר ארצה ונרשם כסטודנט באוניברסיטה העברית, אך למד רק סימסטר אחד. בראשית שנת 1969 התנדב לצה"ל – והפעם לשירות-קבע. לאחר מותו כתבו אחיו: "שובו לצבא אחר מלחמת ששת-הימים בא מתוך מניעים אידיאליסטיים טהורים ולא מתוך התחשבות באינטרסים אישיים או שיקולי 'כדאיות' כלשהם. הצו הפנימי שבו דחף אותו לצעד שעשה, והוא המשיך לפעול לפי אותו צו לאורך כל-חייו. כי יוני מעולם לא איבד את דרכו בחיים, לא נתן לחיים להוליך אותו, ולשנים לטשטש את אמונותיו. החלטתו היתה ברורה – עליו לתרום את מיטב כישרונותיו, זמנו ומרצו לצה"ל".
יוני התנדב ליחידה מובחרת וגילה עד-מהרה כישרונות בולטים של מפקד רב-יזמה ורב-אחריות. בשנת 1970 קיבל את הפיקוד על פלוגה בסיירת 'חרוב' והצטיין בביצוע משימות שונות, שנועדו למנוע חדירתם של מחבלים דרך בקעת-הירדן. באותה שנה חזר יוני ליחידתו הקודמת, ולאחר זמן קצר הועלה בה לתפקיד סגן-המפקד.
את קיץ 1973 בילה יוני בארצות-הברית – שוב באוניברסיטת הארווארד. הפעם התרכז בלימוד מדעי המדינה ויחסים בינלאומיים – בייחוד בתחומים הנוגעים לישראל ולמזרח התיכון בכללו.
זמן קצר לאחר שחזר מארצות-הברית פרצה מלחמת יום-הכיפורים. יוני עלה לרמת-הגולן כמפקד קבוצה נבחרת של לוחמים והשתתף בשורה של קרבות ומבצעים. בבוקר היום השני של המלחמה איתר הכוח של יוני שני מסוקים סוריים, שהנחיתו כוחות סמוך לבסיס 'נפח' בחזית הגולן. על הקרב עם כוח זה – הקרב הראשון שבו השתתפו יוני וחייליו במלחמת יום-הכיפורים – נמסרה העדות שלהלן מפי אחד הקצינים: "קיבלנו ידיעה שלמעשה אנחנו הכוח האחרון המגן על המקום… פתאום נפתחה עלינו אש חזקה… הם תפסו אותנו בצורה הנוחה ביותר בשבילם… אנחנו גלויים בשטח… פחדתי מאוד. מה שראיתי אז היה תמונה שאזכור כל-חיי; פתאום ראיתי את יוני מתרומם בשקט גמור, כאילו לא התחולל שם דבר. בתנועות-ידיים לסמן לאנשים שיקומו אתו… הוא התחיל להתקדם כאילו שיחק בתרגיל-אש. הוא הלך זקוף, חילק פקודות לימין ולשמאל. אני זוכר את המחשבה שלי אז כחייל שלו: לכל-הרוחות, אם הוא עושה את זה – אז אני לא מותר! קמתי והתחלתי להילחם".
הקרב הסתיים בהשמדת כוח-הקומנדו הסורי, שמנה כ – 50 איש. לכוח של יוני שמנה כ – 30 איש היו שתי אבדות בנפש.
לאחר שנבלמה ההתקפה הסורית בגולן, הצטרף הכוח של יוני להתקפת הנגד של צה"ל ככוח מאבטח לגדודי השריון. במסגרת זו ביצע פעולות מעבר לקוי האויב וחיסל חוליה של ציידי-טנקים סוריים. בהסתערות השריון האחרונה של צה"ל על מוצב תל-שמס שמע יוני בקשר כי מפקד הטנקים של הכוח המסתער נפצע קשה והושאר בשטח האויב. חילוצו היה כרוך בסיכון רב, כי היתה זו רק שאלה של זמן קצר עד שהסורים ייכנסו לשטחלחלץאת פצועיהם באותו קרב. יוני התנדב לחלץ את מפקד השריון וביצע את המשימה. על פעולה זו קיבל יוני ב – 1974 את 'אות המופת'. בפעולה אחרת במלחמה ניוט יוני יחידת-ארטילריה של צה"ל לנקודה שממנה ניתן היה להפגיז את מבואות דמשק. לקראת כיבוש מוצב החרמון, שנפל בידי הסורים בתחילת המלחמה, התמקמו יוני וחייליו בעמדת-תצפית הסמוכה למוצב וסיפקו מידע חיוני עליו לצה"ל. במשך הקרב שימשו ככוח אבטחה וחסימה, הרגו ושבו עשרות מחיילי האויב.
לאחר מלחמת יום-הכיפורים רצה יוני להתמחות בדרכי הלחימה של חילות אחרים בצה"ל, והוסב, לבקשתו, לשריון. הוא פיקד על פלוגת-שריון ברמת הגולן בימי מלחמת-ההתשה עם הסורים, וגם בתפקיד זה הצטיין. במרס 1974 כתב באחד ממכתביו: "הפלוגה יושבת בקו הקדמי ביותר של המובלעת, במקום מועד לפורענות, ובמידה שתתפתח מלחמה, יהיה תפקידה מכריע בקרב הבלימה". למעשה התנהלה מלחמה קשה כבר באותם הימים, והעמדה של יוני הופגזה בלי-הרף. "הכוח שבפיקודי", כתב יוני, "מוקף צבא עוין ושונא ישראל, כולל חילות מחמש ארצות, שכולם משכימים עלינו להרגנו". עד-מהרה נתמנה כמפקד גדוד-שריון, שהשתתף בהגנה על מבואות הגולן. למעשה היה זה שריד של גדוד, שנשחק בימי מלחמת יום-הכיפורים. יוני שיקם אותו והעלה אותו לדרגת אחד המובחרים בגדודי השריון של צה"ל. יוני שימש בתפקיד של מג"ד בשריון עד מאי 1975.
ביוני 1975, לאחר שהועלה לדרגת סגן-אלוף, חזר יוני לאותה יחידה מובחרת, שאליה גויס בשנת 1969. הוא נתמנה כמפקדה, ובתפקיד זה גילה את מלוא-יכולתו בפיקוד ובתכנון פעולות נועזות. בתפקיד זה גם תכנן, הכין ותרגל את כוח החילוץ, שנועד לשחרר את השבויים באנטבה, יוני פיקד על כוח זה והגיע בראש אנשיו אל המסוף של אנטבה, שבו הוחזקו החטופים.
המשימה הנועזת הוכתרה בהצלחה שהפליאה את העולם כולו, אך יוני לא זכה לראות את סיומה. ביום ו' בתמוז תשל"ו (4.7.1976), במהלך הקרב שהתפתח עם חיילי אוגנדה, נפגע יוני ונהרג. הוא הובא למנוחת-עולמים בבית-העלמין הצבאי שעל הר-הרצל בירושלים.
שמעון פרס, שר-הביטחון, הספיד את יוני על קברו ב – 6 ביולי 1976. בין השאר אמר: "הרגע הקשה ביותר שבליל-גבורה זה היה כאשר הגיעה הידיעה המרה שכדור קרע את לבו של אחד המעולים שבבני-ישראל, אחד האמיצים שבלוחמי ישראל, אחד המבטיחים ביותר שבקרב מפקדי-צה"ל – יונתן נתניהו המופלא".
"יונתן היה מפקד-מופת. בעוז-רוחו יכול היה לאויביו. בתבונת לבו כבש את לב חבריו. מסכנות לא נבהל, וניצחונות לא הגביהו את לבו. הוא הרבה לדרוש מעצמו, ואילו לצה"ל העניק את חריפות שכלו, את כישרון פעולתו, את חריצותו הקרב שלו… בצבא לימד התנדבות,, לפקודיו נתן חום אנושי ובקרב השרה קור-רוח. ועליו, אפשר לומר בלשון דוד: מנשרים קלו, מאריות… יהונתן על במותיך חלל… המרחק שבשטח שבין אנטבה לירושלים קיצר לפתע את המרחק שבזמן שבין יהונתן בנו של שאול לבין יהונתן בנו של בן-ציון. אותה הגבורה שבאיש. אותה הקינה שבלב העם".
שמו הונצח בין השאר: מחנה יונתן – מחנה בצפון הארץ, שבו שימש יוני כמג"ד. בית-הספר יונתן נתניהו – בית-ספר ממלכתי בירושלים (ברמות). בית-ספר יונתן – בית ספר עירוני בנתניה. בית-כנסת בנתניה. שכונת יונתן וגן ציבורי על-שמו – רובע ג' באשדוד. בעפולה – שכונת יונתן. גן ציבורי בבאר-שבע. מעון לטיפול בילדים בבאר-שבע. שכונת יונתן – באופקים. רחוב ניו-יורק, בברונקס LANE NETANYAHU JONATHAN COLONEL-.LT. גינה בקמפוס האוניברסיטה העברית בירושלים, בגבעת רם. מילגות לסטודנטים בירושלים ובתל-אביב. קרן יונתן נתניהו באוניברסיטת קורנל, ארה"ב סניף של הדסה בארצות-הברית, במיאמי, פלורידה. סניפים של בני-ברית. קלוב-ירי בית-שמש. מעון-ילדים במבשרת ירושלים. גביע אליפות כדורסל של בתי-הספר התיכוניים בירושלים (כיתות ט'-י') ע"ש יונתן נתניהו (מטעם המחלקה לנוער, ספורט וחברה של עיריית ירושלים) חורשת יוני – ביערות הקרן הקיימת לישראל, במורדות המזרחיים של שכונת רמות, ירושלים.