בן בכור ליהודית ולשמואל, נולד ביום י"ט בסיוון תשי"ח (7.6.1958) ברחובות. יונתן נקרא על-שם חבר טוב של אביו, שנפל במלחמת השחרור. משפחתו – משפחת פרדסנים, מוותיקי רחובות ונס-ציונה, קשורה לאדמת הארץ זה ארבעה דורות והטביעה ביונתן את האהבה למולדת ואת האחריות לגורלה. כשהיה בכיתה א', נסע יונתן עם הוריו לארצות-הברית, שהה בה שלוש שנים ובבית-הספר התבלט בכשרונותיו. כשחזרו לארץ, הוא המשיך את לימודיו בבית-הספר היסודי "שפרינצק" ובבית-הספר התיכון "קציר" ברחובות וסיים מגמה ריאלית.
מגיל צעיר היה יונתן עצמאי ובעל אופי חזק. בן עשר בערך היה, כשעשה לעצמו מבחני אומץ: יצא לפרדסים בלילה, נסע לבדו על אופניים למרחק רב, קפץ ממגדל המציל או חזר לבדו מן הים לרחובות ברגל. בגיל ההתבגרות הוא ירד לסיני לעבוד בביצורים, בתנאים שאף גברים חזקים וקשוחים התקשו לעמוד בהם.
הוא היה גבוה ויפה-תואר. על אף התדמית הקשוחה ששקד עליה, היה יונתן רגשי מאוד ובעל לב טוב. הוא כתב שירים, אהב בעלי-חיים, וילדים קטנים והתייחס בחיבה ובכבוד לאנשים זקנים. הוא אהב בני אדם בכלל, ולאחר מותו נתגלה כמה רבים היו חבריו.
את שירותו הצבאי החל יונתן בקורס טיס, אך מרצונו ביקש לעזוב את הקורס והתנדב ליחידה מובחרת של חיל-רגלים. הוא שירת בסיירת גולני, ואהב את העבודה הקשה בסיירת. במרבית הזמן שירת יונתן בצפון הארץ, בתקופה של פיגועים וחדירות מחבלים. כמה חודשים לפני שחרורו נפל חברו בסיירת, יוסי בר-מאיר מאפיקים. מותו פגע בו קשות, והוא קיבל עליו את תפקידו של יוסי כסמל באותה מחלקה. ב-1979 השתחרר יונתן מצה"ל ושובץ לשירות מילואים ביחידת סיור של גדוד נח"ל, יחד עם עוד חברים מהסיירת.
הוא חזר מצה"ל בוגר ובעל תוכניות ברורות לעתיד. יונתן התעקש לעמוד ברשות עצמו: הוא שכר דירה בשכונת הדר יוסף בתל-אביב, והחל לעבוד כאיש ביטחון בנמל התעופה בלוד. בד בבד הוא למד מתימטיקה באוניברסיטת תל-אביב. הוא שאף להמשיך בלימודי אסטרו-פיסיקה, שכן משחר ילדותו התעמק במהות היקום, בחוקים הפועלים בו ובתכלית הבריאה והחיים. בשנה השניה ללימודיו, עבר יונתן לחוג משולב של פיסיקה ומחשבים באוניברסיטת בר-אילן. בסיומה של השנה התכונן לשאת לאישה את חברתו דורית. אבל המלחמה פרצה, ויונתן הצטרף ליחידתו עוד לפני שקיבל צו קריאה. הוא טען תמיד שאין להרפות מן המחבלים, ויצא בלב שלם להכות בהם. מפקדו כתב למשפחתו, כי יונתן שירת במסירות ובנאמנות ביחידה, שבה ראה את ייעודו כחייל מילואים.
יונתן נפל במלחמת שלום הגליל ביום י"ט בסיוון תשמ"ב (10.6.1982), בעת שלחם בגיזרה המזרחית בלבנון. יחידתו נפגעה מהפצצה אווירית, והוא בן 24. הוא הובא למנוחת-עולמים בבית-הקברות הצבאי ברחובות.