בן מלכה ויהודה. נולד ביום י"ז בכסלו תשכ"ח (19.12.1967) בירושלים. האב הגיע מארצות-הברית כסטודנט והאם מלכה עלתה מאנגליה בנעוריה. יונתן, ילד יפה וחייכני, אהב לשמוע ולהשמיע סיפורים יפים. את לימודיו החל בבית-הספר היסודי 'מעלה' והמשיכם בבית-הספר היסודי 'אלנה דה-רוטשילד' בירושלים. את לימודיו התיכוניים המשיך במגמה הומניסטית כללית בתיכון 'הימלפרב' בבית וגן. יונתן גילה את אהבתו לארץ כבר בגיל צעיר. הוא הרבה לצאת ולשוטט במרחבי הארץ וכבר אז החל לגלות עניין רב בגורל עם ישראל. הוא הושפע מאוד מהאווירה ששררה בבית המשפחה, אך עד-מהרה פיתח דעות משלו בכל הקשור לציונות.
בגיל חמש-עשרה שינה כיוון, והפנה את עיקר התעניינותו למטאורולוגיה. הוריו רכשו לו מעין 'תחנה' ביתית שיוכל לעקוב באמצעותה אחר התפתחות מזג-האוויר ממרפסת ביתו. אהבתו לחיות באה לידי ביטוי בטיפולו המסור, בעיקר בכלבתו בילי. בשלב מסוים הביע רצון ללמוד רפואה וטרינרית. יונתן השתייך לתנועת הצופים. במסגרת התנועה הרבה לטייל בארץ, קרא הרבה ובמיוחד התמקד בדמויות שבלטו באישיותם בהיסטוריה היהודית ובציונות. הוא התנדב למגן-דוד אדום והשתתף בכמה קורסים לעזרה ראשונה. בעל אופי 'נותן' היה. בשעותיו הפנויות עסק בספורט, שיחק כדור-סל, והרבה לצאת לריצות. הוא אהב מוזיקה מודרנית ופיתח רגישות רבה למוזיקה קלאסית. עם כל זאת הבין היטב חשיבותם של 'דברים קטנים' בחיים. הוא עזר בבית ולשכנים, הקשיב לזולת בעת הצורך והבנתו הפליאה לעתים. כשרון רב היה לו לחדור לנפשו של אדם. הוא התענין בנעשה אצלנו ובעולם הרחב, לעתים נסע עם משפחתו אל ארצות מוצאם ושורשיהם והוא נהנה והתרגש מכל הזדמנות, אך יותר מכל שמח לחזור אל ארצו האהובה.
גאה היה במורשתו עתיקת היומין. הוא התבונן בנעשה בארצות השכנות כדי להבין את עמדת האיסלאם כלפי היהודים והשפעתה על מצבנו ועתידנו. למרות דעותיו ה'נציות' היה דמוקרט אמיתי ונלהב. בכיתה י"א הצטרף יונתן לפרוייקט 'ראשית', פרוייקט משותף לקיבוץ 'ראשית' וצה"ל. הוא ראה בזה אידיאל ציוני ודתי והיה פעיל בארגון הגרעין והמקשר בין כל הגורמים. הוא נחשב לרוח החיה בכל הקשור בהפעלת החוג, ששילב סיירות, ידיעת הארץ וחוג רעיוני. כשנרקם הרעיון להליכה משותפת לצבא הוא היה ראש למצדדים וייחס לגרעין חשיבות עצומה להצמחת מפקדים ומחנכים בעלי שאר-רוח שישפיעו בצבא, ובהמשך יהיו אזרחים תורמים ובעלי כלים לעשייה חינוכית. מפקדיו העידו עליו כי היה נער נפלא, שליו, מופנם וצנוע, בעל חיוך רך וטוב-לב. מנהיג טבעי, מתעניין ומתעמק, וסובלני כלפי הזולת. מטרתו של הפרוייקט היתה לגבש גרעין מאנשים אכפתיים ורגישים מזרמים שונים, דתיים, חילוניים, קיבוצניקים ועירוניים, ולהתגיס יחד לצבא.
בשלהי אוקטובר 1985 גויס יונתן לשירות חובה בצה"ל. הוא התנדב לחטיבת גולני והחל את מסלול הטירונות.
ביום י"ט בכסלו תשמ"ו (2.12.1985) נפל יונתן בעת שירותו והובא למנוחת-עולמים בבית-העלמין הצבאי בהר הרצל בירושלים. הותיר אחריו הורים, ואחות – מיכל. בן שמונה-עשרה היה במותו.
במכתב תנחומים למשפחה השכולה כתב מפקד היחידה: "כמי שהתנדב בילדותו לסייע לשכניו ולסביבתו בעבודות השונות, כך היה מראשוני המתנדבים לפרוייקט 'ראשית' והיה חניך תורן בקבוצה זו במשך תקופה ארוכה. נער עדין, שקט ומהורהר. יונתן ז"ל התגיס עם חבריו לשרת ביחידה קרבית הנחשבת לאחת מן המובחרות בצה"ל. בתקופה הקצרה ששהה במחיצתנו התחבב על חבריו והרשים את מפקדיו בנכונותו הרבה לתרום מעצמו ומזמנו הפנוי ומיכולתו האישית. האידיאל הציוני-הדתי שהניע אותו טרם גיוסו לצה"ל המשיך להניעו במהלך שירותו. הקמנו פלוגה לתפארת, פלוגה שהראתה שאפשר לקיים צבא יהודי באווירה אחרת, מוטיבציה, שמחת חיים ואחווה. פלוגה שהוציאה מתוכה מפקדים רבים".
וכך המשיכו בדרכו של יונתן.