יהונתן, בן רחל וישראל ז"ל, נולד ביום ט"ו בטבת תש"ו (19.12.1945) בתל-אביב, והוא בן רביעי למשפחת קפלן, שלה שורשים עמוקים בארץ-ישראל. הוא למד בבית-הספר היסודי "המתמיד" והמשיך את לימודיו בבית-הספר התיכון "דביר" ברמת-גן. בקיץ 1962 נסע לארצות-הברית והשלים את לימודי בית-הספר התיכון בפורטלנד שבאורגון. יוני היה הצעיר בארבעת האחים במשפחה ולכן רצה תמיד להשתוות אליהם ולהגיע להישגים שהם הגיעו אליהם. למרות זאת מעולם לא התעוררה בין האחים תחרות מתוך קנאה. הם אהבו מאוד זה את זה, עזרו איש לאחיו וחלקו ביניהם הכל. עליזות, שמחה וגישה אופטימית לחיים היו התכונות העיקריות באישיותו של יוני. לא רק שהיה מלא אהבת-חיים, אלא שכל הווייתו קרנה שמחה וטוב-לב, שדבק בכל אדם שבא במחיצתו. הוא ניחן בכישרון ליצור קשר מידי עם כל אדם, בכל מקום ובכל מצב. יושרו, כנותו ופתיחותו הקלו על אנשים ליצור עמו קשרי ידידות כנה, שנמשכה שנים רבות. יחסים מיוחדים שררו בין יוני לבין יוסי, האח השני, שנפל במרדף אחרי חולית מחבלים בבקעת הירדן. קווי-אופי רבים באישיותו של יוסי דמו לאלה של יוני. לאחר מות אחיו ראה יוני עצמו מגשים את חיי אחיו ובדברים רבים הלך בעקבותיו ובעקבות חלומותיו. הוא היה שובב גדול ולא פעם הפתיע את חבריו ללימודים כשלא היסס להתבדח במבחנים. כיוון שהיה מוכשר מאוד, השתלט על חומר הלימודים בקלות. חברים מן האוניברסיטה זוכרים שלא היה מבקר בהרצאות אלא לעתים רחוקות, ולמרות זאת סיים את כל הקורסים בהצלחה ועוד עזר לאחרים להתגבר על קשייהם בבחינות. יוני היה אוהב-אדם ומוכן תמיד לעזור לכל. ברגישותו הרבה היה חש למי נחוצה עזרה והיה עושה את המעשה הדרוש עוד בטרם נתבקש. בנפשו נתמזגו תום נעורים עם חכמה ובגרות, חספוס של נער מתבגר עם הרבה חן ועדינות. אנשים אהבו את הצירוף המיוחד הזה, שהעניק לדמותו רבגוניות מרתקת. פלא הוא כיצד האסונות התכופים שפקדו את המשפחה, אשר שכלה הורים ושני בנים זה אחר זה, לא הצליחו לערער את ביטחונו ואת אמונתו של יוני בחיים. דומה היה שאין דבר בעולם שיצלח לערער את האופטימיות ואת חדוות החיים שלו. וכך, כשהתייצב לשירות פעיל לא הייתה דאגה בלבו, אלא שמחה וציפייה לקראת האתגרים המרתקים הצפונים לו.
יהונתן גויס לצה"ל במחצית אוגוסט 1964 והתנדב לשרת בחיל הצנחנים. לאחר הטירונות ולאחר שעבר קורס צניחה, המשיך והשתלם בחבלה. הוא היה חייל מצטיין, שהיטיב להשתמש בכלים ובאנשים שעמדו לרשותו. מפקדיו עמדו עד מהרה על כישרונותיו הרבים ודאגו לקידומו המהיר בסולם הדרגות. לאחר שעבר קורס מפקדי כיתות נשלח לקורס קצינים של חיל הרגלים. את שני הקורסים האלה סיים בהצלחה מרובה. החיילים שעמדו תחת פיקודו אהבו אותו ובטחו בכושרו להנהיג אותם. בחוות דעת תקופתיות, הנהוגות בצה"ל לגבי קצינים, ציינו מפקדיו את רצינותו ואת זריזות מחשבתו. הם העריכו אותו כקצין קפדן, ממושמע ואחראי. הוא היה מסור לכל תפקיד וביצע בנכונות מלאה כל משימה שהוטלה עליו. ידיעותיו במקצוע החבלה ובשאר מקצועות חיל הרגלים היו מושלמות והוא זכה לשבחים רבים על הישגיו. למרות הצלחתו הרבה בתפקידיו בצבא, לא ראה את עתידו במסגרת זו.
לאחר שחרורו נרשם ללימודים באוניברסיטת תל-אביב והחל ללמוד כלכלה ומדע המדינה. אחרי-כן החל לעבוד במשרד ראש הממשלה, בתפקיד לא שגרתי, ובמסגרת עבודה זו יצא בשנת 1971 בשליחות לחוץ לארץ. גם בעבודה זו זכה להצלחה רבה ולהערכת הממונים עליו. ימים ספורים לפני פרוץ המלחמה חזר ארצה. במלחמת יום-הכיפורים השתתף יוני בקרבות הקשים והמרים ב"חווה הסינית" ובגדה המערבית של תעלת סואץ, בתפקיד מפקד מחלקת חבלה, בפלוגת ההנדסה של חטיבת צנחנים. ביום כ"ד בתשרי תשל"ד (20.10.1973) נפגע ונהרג בעת שפקד על כוח, שעסק בסריקות הרמפה הצפונית. הוא הובא למנוחת-עולמים בבית-העלמין בקרית-שאול ונקבר ליד קברו של אחיו יוסי. השאיר אחריו אח.