בן יוסף וטהורה, ממייסדי קיבוץ נען. נולד ביום ל' באלול תש"ח (3.10.1948) בקיבוץ, בעיצומה של מלחמת השחרור. בשנים 1952-1954 הייתה המשפחה כולה בארגנטינה, כאשר האב עשה בשליחות הסוכנות היהודית. בשנת 1956 הוזמן האב לנהל את בית-הספר "בארי" בבאר-שבע ואז עקרה המשפחה לבירת-הנגב והאם עבדה במועצת פועלי באר-שבע, כמרכזת מדור גני-הילדים והמעונות. יהונתן אהב את ביתו ואת הוריו. היה שוחר יופי וחיבב בני-אדם והיה מוכן לבוא לעזרתם. בעיקר אהב את הטבע אהבה רבה. צמחים ופרחים דיברו אל לבו ובחברתם חש כבתוך שלו. יהונתן למד בבית-הספר היסודי "מצדה" שבעיר והיה חבר בתנועת "הצופים". הוא השתתף במופעים ספורטיביים עם בני-גילו, והצטיין במיוחד בשחייה וזכה בהרבה תעודות הצטיינות. את לימודיו המשיך בבית-הספר המקיף א' בבאר-שבע. כשהיה בגדנ"ע יצא לקורס מ"כים בג'ליל ושם הוסמך להדרכה וניתנה לו תעודה על כך. הוא השתתף גם בצעדות-נוער. כשהגיע לכיתה י' שוב יצאו ההורים בשליחות חינוכית מטעם הסוכנות היהודית לברזיל – ויהונתן אתם. בתקופה זו של שהותו בברזיל העמיקו מחשבתו וידיעותיו. הוא לא זו בלבד שלמד פורטוגזית ואנגלית כי אם גם ראה כיצד חיים בארצות אחרות ולמד להבין תופעות שונות בחיים הללו. יהונתן חזר לארץ לפני שסיימו הוריו את שליחותם, כדי להיכנס לכיתה י"א ועשה מאמצים כבירים להשלים את החומר, כדי לסיים את שנת הלימודים בהצלחה. בלימודיו התיכוניים העדיף את הביולוגיה ושאף להמשיך במגמה זו ולהקדיש את עצמו למחקר בתחום זה לאחר שיסיים את השירות בצה"ל. יחד עם נטיותיו למדע נמשך גם לאמנות הציור ובעזבונו נשארו כמה וכמה ציורים מעשה ידיו.
יהונתן גויס לצה"ל באוגוסט 1967 והוצב לחיל-השריון. ביום ז' באלול תשכ"ט (21.8.1969) עלה רכבו על מוקש באזור תעלת-סואץ והוא נפל בעת מילוי תפקידו. הובא למנוחת-עולמים בבית-הקברות הצבאי בבאר-שבע.
במכתב תנחומים למשפחה כתב מפקד היחידה, בשם חבריו ומפקדיו של יהונתן: "חברים, חניכים ומפקדים שואלים, תמהים: האם לא יחזור פתאום ובידיו כלבלב קטן, אשר הבטיח להביא לפלוגה? האם לא נשב יחדיו בג'יפ ונשמע את פקודותיו מלאות-השכנוע, כחבר וכמדריך ולא כמפקד יבש וקשוח? בלבנו חושבים אנו שכל אותו יום מר אינו אלא חלום – – אבל בחיינו היומיומיים אין פנאי לחלומות רבים, ואנו ממשיכים בסיורים ומבצעים את המשימות, והמחשבה על יוני ושאר חברינו שנפלו רק נותנת את התוקף לכל אותם דברים שלמענם נפלו. אנו ממשיכים במילוי חובה ומתוך ידיעה היכן אנו עומדים כעם וכמדינה הנלחמת על עצם קיומה ונאבקת על חייה מתוך תקוה לעתיד של שלום, כאשר בנינו לא יצטרכו עוד, כיוני, לתת את חייהם. כן, חלום הוא ואנו עמו. חזקו ואמצו!"
מדור מיוחד בשם "איך נפלו גיבורים" הוקדש ליהונתן בביטאון של בית-הספר התיכון העירוני המקיף א' – "אפיקים בנגב;" כן הונצח שמו בקובץ "לזכור ולהזכיר" – יד לבוגרי בית-הספר התיכון א' בבאר-שבע שנפלו במערכות ישראל; בשנת תש"ל הוציאה המשפחה לאור אלבום לזכרו ובו שנים-עשר ציורים מעזבונו, המשקפים את נפש האמן של יהונתן.