יונתן (יוני), בן בלה ומשה, נולד ביום ל' באב תש"ז (16.8.1947) בטבריה.
הוא למד בבית-הספר בקיבוץ פרוד, אחרי-כן המשיך בלימודיו בבית-הספר התיכון א' בבאר-שבע, במגמה הביולוגית. יונתן היה תלמיד חרוץ מאוד, ממושמע, מקפיד על הכנת השיעורים, אהוב על מוריו ומקובל על חבריו. הוא נמנה עם חניכי תנועת הצופים בבאר-שבע והיה חבר פעיל, שהקדיש הרבה ממרצו ומזמנו לפעולות החברתיות וטיפוח הקן.
הוא היה חובב ספורט ונמנה עם חברי נבחרת הכדורסל של "הפועל" באר-שבע. יונתן היה אדם טוב וידיד אמת. חבריו ידעו שאפשר לבטוח בו שידאג לטובתם והיה להם איש סוד נאמן. הוא היה אוהב אדם, לא שמר טינה, כיבד את רגשות הזולת, נענה לכל בקשה ברצון ובמאור פנים. הוא היה איש שיחה נעים, אוהב חברה ומכניס אורחים. גישתו לחיים הייתה רצינית ובוגרת ובכל מעשיו היה שואף לשלמות. הוא רחק מן השגרה ונהג לבחון כל עניין במחשבה שקולה ומעמיקה. חבריו אהבוהו מאוד על האופטימיות שלו, על חייכנותו ועל חוש ההומור המיוחד לו.
יונתן גויס לצה"ל בסוף יוני 1965. הוא התנדב לנח"ל, במסגרת גרעין "יעל" שביקש להתיישב בקיבוץ מגל. לאחר סיום הטירונות השתלם בקורס מ"כים, בקורס צניחה ובקורס קציני חי"ר שהצטיין בו מאוד.
במלחמת ששת הימים לחם יונתן בסיני, באוגדה של טל, כמפקד חי"ר משוריין, ועל כך הוענק לו "אות מלחמת ששת-הימים".
לפני השחרור מהשירות הסדיר, התנדב לשרת בחיל-האוויר, עבר קורס טיס כחניך מצטיין והשלים קורס מדריכי-טיס. הוא עשה רבות לשיפור הדרכת הנווטים בטיסות "פוגה" וזכה על כך לשבחים רבים. בחוות-הדעת כתבו עליו מפקדיו: "הוא קצין נמרץ מאוד, עשה את עבודתו ביעילות רבה ובמסירות וממלא את תפקידו בדרך הטובה ביותר. הוא רציני, בעל ביטחון עצמי, אופיו נוח, ויש לו השפעה טובה על סביבתו. יש לו כושר מנהיגות, הוא בעל יוזמה והבנה עמוקה, בעל יכולת ארגון וביצוע מעולה, בסיכומו של דבר: קצין טוב מכל הבחינות".
יונתן היה בן משפחה דואג ונאמן. הוא היה אב אוהב לבתו, בעל מסור לאשתו סימה ובן טוב להוריו, שלהם רחש כבוד רב.
במלחמת יום-הכיפורים יצאו יונתן וחבריו לבלום את כוחות האויב הצולחים את התעלה. ביום ט"ו בתשרי תשל"ד (11.10.1973), נשלח להפציץ את מנצורה, שליד קהיר ונפל בקרב אווירי באזור יחד עם הנווט שלו, סרן ערן כהן ז"ל. מטוס הפנטום שלהם היה חלק מרביעיית חיפוי של מטוסי פנטום, שחיפתה על תקיפה של רביעייה אחרת באזור שמדרום למנצורה. בדרכם חזרה, נקלעה הרביעייה המחפה לקרב אווירי, עם מטוסי מיג 21 מצריים. טיל פגע במטוס ה"פנטום" שהטיס והוא ונווטו נאלצו לנטוש את המטוס. מאז לא נודעו עקבותיו.
בבית הקברות הצבאי שבהר-הרצל, הוקמה מצבה בחלקת הקבר לחללי צה"ל שנפלו בקרב בחזית המצרית במלחמת יום- הכיפורים, לזכרם של חללים אשר מקום קבורתם לא נודע – ויונתן ביניהם.
סרן יונתן אופיר נפל ביום ט"ו בתשרי תשל"ד (11.10.1973). הותיר אחריו אישה ובת, הורים, שני אחים ואחות. לאחר נפלו הועלה לדרגת רב-סרן.
באפריל 1982 בעקבות שיתוף פעולה של המצרים עם היחידה לאיתור נעדרים בצה"ל, נמצאה גופתו של יונתן בבית העלמין במנצורה שבמצרים והובאה לקבורה בבית העלמין הצבאי בהר הרצל שבירושלים בי"ב סיון, תשמ"ב (3.6.1982).
עינן, אחיו של יונתן, שיתף אותנו: "יונתן אחי היה אח למופת והוא רצה מאוד שגם אני אהיה טייס וגם נתן לי שיעור ראשון בפייפר. אני גם שירתתי בחיל האוויר במלחמת יום הכיפורים בטייסת אחרת כאיש צוות אוויר במסוקי יסעור.יהי זכרו ברוך."