יונתן, בנם-בכורם של ארנונה ומיכאל, נולד ביום ג' בטבת תשי"ד (9.12.1953) בירושלים. בפרוץ מלחמת ששת הימים, בהיותו בן 14, נפל אביו במערכה על שכונת אבו-טור בירושלים כמפקד הגדוד. יונתן למד בבית-הספר התיכון שליד האוניברסיטה העברית במגמה הריאלית-ביולוגית. הוא השתייך לתנועת "הצופים" לשבט מודיעין, גדוד עודד. לאחר מלחמת ששת הימים, כאשר נפתחו אופקים רחבים ונוצרו הזדמנויות חדשות להכיר חבלי ארץ שהיו סגורים בפנינו, יצא עם חניכיו לתנועה לתור את השטחים ולעתים הגיע לנקודות שאף לא היו מסומנות על המפה.
יונתן גויס לצה"ל בתחילת נובמבר 1971. כבן למשפחה שכולה, יכול היה לבחור לו יחידה שאינה קרבית כדי לשרת בה, אבל הוא התנדב לקורס טיס בחיל האויר. לאחר תקופת-מה ולאחר שסיים בהצלחה קורס צניחה, הועבר לחיל השריון. הוא השתלם במקצועות-הטנק והוסמך כטען-קשר. בפרוץ מלחמת יום הכיפורים היה עם הכוחות שעצרו את פריצת השריון הסורי. ביום י"א בתשרי תשל"ד (7.10.1973) נפל יונתן בקרב. הוא הובא למנוחת-עולמים בבית-העלמין הצבאי שעל הר-הרצל בירושלים. לאחר נופלו הועלה לדרגת סמל.
דברים לזכרו ראו אור בחוברת "דור לדור" שבהוצאת החברה היהודית העולמית לתנ"ך.