בן חיים ולני. נולד ביום כ"ג בסיון תש"ה (4.6.1945) בתל אביב. כשהיה בן שנתיים הצטרפו אמו והילדים לאביו, שהיה אז בשליחות לאומית אל ניצולי השואה במחנות הפליטים היהודיים בגרמניה. (אמו, דרך אגב, עוסקת כהיסטוריונית השואה במסגרת האוניברסיטה העברית). שם עשו שנה ומחצה. פעם שנייה יצא לגרמניה, ושוב לשנה ומחצה, כאשר הוטלה על אביו שליחות מטעם משרד החוץ; בשוב המשפחה לארץ בשנת 1954 התיישבה בירושלים ויונתן נקלט בבית הספר על שם לוריא בקטמון. כעבור שנתיים עברה המשפחה בשלישית לחוץ לארץ כאשר מונה אביו לשגריר ישראל בשבדיה – ושנתיים שהה עם הוריו בשטוקהולם. הוא למד שם בבית הספר לילדי דיפלומטים ושנה נוספת עשה בפנימייה באנגליה יחד עם אחיו עמוס (המרצה כיום בפיסיקה באוניברסיטה העברית בירושלים). בן י"ד היה כאשר חזר לארץ ומאז לא עזב אותה. הטלטולים הרבים של המשפחה הכבידו עליו וגרמו לו קשיים בהמשך הלימודים הסדירים; אך הוא התגבר עליהם במשך השנים והיה ילד ער ועליז ומחונן הומור. השהייה הארוכה בנכר הגבירה בו את אהבתו למולדת ועם שובו דבק בה בכל נפשו – ומעל לכל אהב את ירושלים. במשך חייו גילה את אהבתו לאדם, רצה להכירו והיה מוכן לשרתו בכל עת. נעים שיחה היה ומחונן בכשרון התקשרות טבעית לבני אדם בכל הגילים ומכל השכבות. תכונה זו חיבבה אותו גם על פקודיו ומפקדיו לאחר גיוסו. את לימודיו התיכוניים סיים בבית הספר התיכון ליד האוניברסיטה העברית בירושלים. אהב את אמנות הציור, שלמד עוד בילדותו, וגם כשהתבגר המשיך לצייר אך היה מבקר קשה את ציוריו, כי הוא היה פוסל את אלה שלא מצאו חן בעיניו מפאת היותם בלתי מושלמים. עינו היתה פקוחה גם לצילום רגיש היה ליופי שבצורה, לצבע, ואף לצליל כרויה היתה אזנו. טעמו הטוב ניכר בתכנון חדרו בירושלים ובדירתו בחיפה לאחר מכן. למרות אנינות הטעם שלו ודרישותיו הקפדניות מעצמו גילה הבנה רבה לרגשות בני האדם אשר לא ניחונו במידה כזאת של רגישות לאסתטיקה. ליונתן היתה תבונת כפיים מופלאה והוא ידע מלאכות רבות בלי שלמד אותן מימיו. גם באתלטיקה עסק, ובעיקר בריצות ארוכות. הוא אהב טיול ורכיבה על סוס (שאותה למד בימי היותו בשבדיה) ושאר ענפי ספורט המים. עם התקרב מועד התגייסותו היה בין היוזמים להתארגנות קבוצה של "צופים" לנח"ל מתוך מטרה להתקשר לתכניות הפיתוח בעין גדי שהיתה אהובה עליו במיוחד. אך הוא עצמו לא הספיק להיות עם חבריו, כי הצבא דרש אותו מייד לתפקידי הדרכה ופיקוד. הוא גויס ביולי 1963, עבר קורס מ"כ, בית ספר לקצינים, קורס הדרכה בבית ספר לקצינים; אלה היו תחנות שירותו בצבא, אשר סיימם כעבור שלוש שנים בדרגת סגן. לאחר שחרורו מן הצבא נשא לאשה את מרים ויינשטיין (כיום מרים יחיל-וקס) – והזוג השתקע בחיפה, כשיונתן מתכונן ללמוד בטכניון העברי שם; הוא רצה ללמוד ארכיטקטורה ובינוי ערים. בינתיים עסק בעבודות טכניות ואמנותיות, כגון בהקמת תיאטרון בובות שנועד לצרכי פרסומת, ולאחר מכן בציור תפאורות ובהקמתן בשביל התיאטרון העירוני בחיפה – ואת כל העבודה הזאת עשה מתוך נטייה ליופי ובעזרת דמיונו העשיר. נטיותיו אלו הביאוהו לידי בחירה במקצוע הארכיטקטורה, כי בו ראה מיזוג של יצירה ותועלת, יופי ודמיון כאחד – המטרה הסופית שלמענה אמר להתמחות בבניין ערים ובתכנון ולעסוק בכך באחד מאיזורי הפיתוח. זיווג שתי התכונות – אהבה ליופי ושירות לאדם היה לנגד עיניו כאשר החליט להקדיש את חייו לבינוי ערים; הוא שאף לראות את האדם בתוך סביבה ההולמת אותו ובתוך הנוף הטבעי היאה לו; זה היה חלום חייו הגדול. כשבועיים לפני פרוץ מלחמת ששת הימים נקרא לדגל לשירות מילואים. וביום השני לקרבותיה, הוא כ"ז באייר תשכ"ז (6.6.1967), נפל כמפקד מחלקה בסביבת ירושלים בקרב שנערך באבו-טור; הוא נפל ראשון בראש מחלקתו. הניחאשה שטרם מלאה שנה לנישואיהם. הובא למנוחת עולמים בבית הקברות הצבאי שעל הר הרצל בירושלים. בטכניון העברי בחיפה הוקמה קרן מילגות על שמו לסטודנטים מצטיינים בנושא תכנון ערים. צופי ירושלים הקימו אנדרטה לזכר חמישה מחבריהם שנפלו במלחמת ששת הימים – והוא ביניהם. גדוד "הצופים", שהוא עמד בראשו זמן מה, הוציא עלון לזכר שלושה מחברי הגדוד שנפלו. משפחתו הוציאה חוברת לזכרו. בחוברת "גדוד אפור אחד" הונצח שמו. בכרך ד' של "גוילי אש", ילקוט עזבונם של הבנים שנפלו במערכות ישראל, הובא מעזבונו.